Нами были исследованы многие варианты, описанные в интернете, к сожалению ни один из них не подошел.
Тестировалась физическая и логическая целостность обновленной базы, обновлена платформа, осуществлена принудительная попытка удаления дублей программно.
Если Вы зайдете Все функции → Планы обмены → Обмен сообщениями, то наверняка увидите дублирующиеся записи.
Не предоставляется никакой возможности удаления дублей штатными средствами.
В конечном счете помог следующий вариант:
- Разворачиваем базу до обновления из резервной копии.
- Проводим логическое тестирование (четыре верхние галочки, тестировать и исправлять, объекты и ссылки не изменять).
- Обновляемся из конфигуратора.